Muzej Slavonije jedan je od 10 najstarijih muzeja u Hrvatskoj.
Muzej je osnovan odlukom Gradskog zastupstva Slobodnog i kraljevskog grada Osijeka 17. veljače 1877. kojom je prihvaćena donacija osječkog trgovca Franje Sedlakovića i njegova želja da se tom donacijom osnuje muzej. Muzej je osnovan kao Muzej slobodnog i kraljevskog grada Osijeka. U vrijeme 2. svjetskog rata bio je Državni muzej, a od 1947. godine nosi naziv kao i danas – Muzej Slavonije.
Muzej je osnovan i smješten u zgradi Magistrata, no od osnutka 1877. do 1933. neprestano se selio. Tek je 1933. Vjekoslav Celestin osigurao desetak izložbenih prostorija na Mažuranićevu vijencu br. 1 (danas zgrada na uglu Europske avenije i Mažuranićeve ulice) u koje je smjestio prvi stalni postav Muzeja. Od 1946. godine Muzej je trajno smješten u zgradi Magistrata, gdje se i danas nalazi.
Nakon što je Vjekoslav Celestin postao kustos i upravitelj. Muzej se počeo etablirati kao ustanova i institucija. Vjekoslav Celestin jest i najdugovječniji upravitelj Muzeja (1893.-1934.).
U prvim desetljećima postojanja fundus muzeja popunjavao se gotovo isključivo donacijama, pri čemu se ističe Karlo Franjo Nuber, veletrgovac i kolekcionar, koji je do danas ostao (prema broju predmeta) najveći donator Muzeja.
U počecima je Muzej, iako gradski, prikupljao najraznovrsniju građu, po provinijenciji katkada i daleko izvan granica grada. To je i usmjerilo njegov razvoj do današnjih dana. Utemeljujuće zbirke bile su arheološka, povijesna i numizmatička uz priručnu literaturu. S vremenom je Muzej prikupljao i umjetničku, etnografsku, prirodoslovnu, tehničku, u većoj mjeri i knjižničnu građu. S obzirom na građu 1947. godine dobio je regionalni naziv. Usprkos tomu Muzej se sve više okretao gradu u kojem je djelovao i njegovoj okolici. U istočnoj Hrvatskoj s vremenom su se osnivali lokalni i gradski muzeji te nekoliko desetljeća od osnutka Muzej Slavonije nije više jedina muzejska ustanova u istočnoj Hrvatskoj. Bogatstvo građe o kojoj skrbi Muzej i njezina važnost u nacionalnom okviru prepoznati su 1994., kada je osnivačka prava preuzela Republika Hrvatska. Time je Muzej postao nacionalna ustanova.
S vremenom se građa povećavala, ponajviše donacijama, ali i odvajala u zasebne ustanove. Godine 1954. izdvaja se Galerija slika iz sastava Muzeja Slavonije i postaje zasebna kulturna ustanovu (danas Muzej likovnih umjetnosti). Iako je Muzej Slavonije imao vrlo bogatu arheološku građu, 2005. osnovan je Arheološki muzej u Osijeku. Nakon kratkotrajnog pripajanja Muzeju Slavonije (2012. – 2017.) Arheološki muzej ponovno je postao zasebna ustanova, pri čemu je tada preuzeo cjelokupan Arheološki odjel Muzeja Slavonije i njegove djelatnike sa svom arheološkom građom i dokumentacijom. Od tada Muzej više ne skrbi o arheološkoj građi. Unatoč tomu, Muzej Slavonije i dalje je najveći muzej općeg tipa u Republici Hrvatskoj s najraznovrsnijim fundusom koji čine 161 zbirka s oko 300 000 predmeta.
Muzej Slavonije danas nema stalni postav. Posljednji stalni postav Muzej je dobio 1977. godine. Tijekom Domovinskog rata (1991. – 1995.) zgrada Muzeja pretrpjela je velika oštećenja te je evakuiran stalni postav kao i dio odabranog materijala.
Od osnutka do danas Muzej je jedan od glavnih nositelja kulturnog života grada Osijeka, a u njemu su do današnjih dana radili brojni stručnjaci, umjetnici i znanstvenici, poznati ne samo osječkoj nego i široj stručnoj i znanstvenoj javnosti. Muzej je u zajednici u kojoj djeluje postao i važan prosvjetno-znanstveni, ali i društveni čimbenik.
Muzej Slavonije ima i bogatu izdavačku djelatnost. Prvi vodič kroz stalni postav Muzeja tiskan je 1940. godine, no u izdanju Arheološkog kluba “Mursa”. Prva publikacija u izdanju Muzeja Slavonije bio je časopis Osječki zbornik. Taj stručno-znanstveni časopis, čiji je prvi broj tiskan 1942. godine, izlazi do današnjih dana. Osim Osječkog zbornika Muzej redovito priprema kataloge izložbi, kataloge zbirki, monografska i ina druga izdanja. Muzej je, prije svega međuknjižničnom razmjenom s drugim ustanovama u Hrvatskoj i inozemstvu, znatno unaprijedio stručni fundus knjižnice. Uključujući baštinske zbirke Knjižnica Muzeja Slavonije najveća je muzejska knjižnica u Republici Hrvatskoj.
Muzej Slavonije djeluje na šest lokacija u Osijeku (Trg Sv. Trojstva (5 i) 6, Trg Vatroslava Lisinskog bb, Bösendorferova 2, K. Firingera 6 i Trg Ivana Pavla II. 1.). U pripremi je dokumentacija za preseljenje na novu lokaciju unutar Tvrđe (zgrada Donje oružarne), pri čemu bi Muzej napustio najveći dio dosadašnjih lokacija. Na novoj lokaciji predviđen je i stalni postav.