- Neolitička zbirka
- Eneolitička zbirka
- Zbirka brončanog i starijeg željeznog doba
- Zbirka mlađeg željeznog doba (keltsko-latenska kultura)
- Zbirka nalaza s arheoloških iskopavanja u Sarvašu
- Zbirka predmeta s nalazišta Osijek-Retfala
- Zbirka predmeta s nalazišta Aljmaš-Podunavlje
- Zbirka kamenih predmeta
- Zbirka keramičkih predmeta
- Zbirka metalnih predmeta
- Zbirka staklenih predmeta
- Zbirka zlatnog nakita i gema
- Zbirka koštanih predmeta
- Zbirka fresaka i mozaika
- Zbirka grčkih vaza
- Egipatska zbirka
- Zbirka nalaza Osijek-Vojarna-Studentski dom
- Zbirka nalaza Osijek-Vojarna-Poljoprivredni fakultet
- Zbirka nalaza Zmajevac-Mocsolas
- Seoba naroda i rani srednji vijek (5-9. st.)
- Razvijeni srednji vijek (10-12 st.)
- Kasni srednji vijek (13-16 st.)
- Tursko razdoblje (16-17 st.)
- Zbirka srednjovjekovnih kamenih spomenika
- Oružje i vojna oprema
Arheološki odjel
Arheološki odjel jedan je od prvih odjela u Muzeju Slavonije. Već od osnutka Muzeja započelo je stvaranje arheoloških zbirki, najprije darovanim zbirkama Franje Sedlakovića i Dragutina Nubera, a potom i drugih skupljača starina. Prvih dvadesetak godina donacije su uz kupnju bile jedini način prikupljanja arheoloških predmeta. Dolaskom Vjekoslava Celestina u Muzej Slavonije 1893. godine započeto je s arheološkim iskapanjima, koje od tada postaju primarni način stjecanja arheoloških fundusa. Arheološki odjel se prvi puta spominje kao jedan od odjela Muzeja 1941. godine, a dr. Danica Pinterović, iako obrazovanjem povjesničar postala je vrlo brzo nakon toga prvi kustos Arheološkog odjela u povijesti muzeja. Godine 1956. muzej je dobio i prvog obrazovanog arheologa Mirka Bulata, a dolaskom u muzej 1979. godine prapovijesne arheologinje Jasne Šimić Arheološki odjel je počeo raditi u dva pododjela - Prapovijesnom i Antičkom. Sredinom 90-tih godina formiran je i treći pododjel - Seobe naroda i srednjeg vijeka - od brojnih pojedinačnih predmeta i manjih cjelina, koje su se ranije nalazile uglavnom u Arheološkom odjelu, ali i u nekim drugim. Odjel danas čine tri pododjela, a cjelokupni fundus Odjela je organiziran u 20-tak zbirki, s nizom podzbirki.

Stručni djelatnici
- viša kustosica
- viši kustos
- kustosica vježbenik
- kustosica




