Radi kvalitetnog, stručnog i racionalnog obavljanja djelatnosti Muzeja i programa njegova rada u Muzeju se organiziraju, sukladno Statutu Muzeja, muzejski odjeli. Muzej djeluje kroz 11 odjela koji danas djeluju na dvije lokacije u osječkoj Tvrđi – Trgu Sv. Trojstva 5 i 6 te u Bösendorferovoj ulici 2.