Radi kvalitetnog, stručnog i racionalnog obavljanja djelatnosti Muzeja i programa njegova rada u Muzeju se organiziraju, sukladno Statutu Muzeja, muzejski odjeli. Muzej djeluje kroz 13 odjela koji danas djeluju na tri lokacije u osječkoj Tvrđi – Trgu Sv. Trojstva 2, 5 i 6, Trgu V. Lisinskog te u Bösendorferovoj ulici 2.
KONZERVATORSKO-RESTAURATORSKI ODJEL
ODJEL ZA ADMINISTRATIVNE I FINANCIJSKE POSLOVE